Способность к разложению перегноя свойственна довольно широкому кругу микроорганизмов, относящихся к различным таксономическим группам: грибам, бактериям, актиномицетам. В то же время между результатами опытов и взглядами разных исследователей имеются определенные противоречия, обусловленные, по всей вероятности, нестандартностью подвергавшихся деструкции препаратов и неоднородностью их химического состава. Можно отметить существование двух тенденций в оценке рассматриваемого процесса: одни авторы связывают разложение перегноя с биохимической активностью довольно ограниченного числа видов, отличающихся в большей или меньшей степени специфичностью, тогда как другие не считают, что данный процесс обусловлен жизнедеятельностью специализированной группы микроорганизмов.
Первой точки зрения придерживался С.Н. Виноградский, наблюдавший разложение гуматов кальция под влиянием специфической группы бактерий, названных им автохтонными, и актиномицетов. В общем во многом сходные результаты были получены и другими авторами. В монографии, посвященной изучению представителей рода Nocardia, Е. 3. Теппер совершенно определенно связывает разложение гуминовой кислоты с жизнедеятельностью специфической микрофлоры, сходной по своему составу с автохтонной микрофлорой Виноградского, а в состав этой микрофлоры включает бактерий группы Bactoderma, представителей родов Nocardia, Micromonospora и микроорганизмов, образующих на средах колонии, сходные с колониями Pedomicrobium. Проведенное автором исследование физиологических свойств различных видов Nocardia показало, что некоторые из этих видов способны к медленному использованию гуминовой кислоты и родственных соединений (ароматические и азотсодержащие гетероциклические соединения) в качестве источников азота и углерода. Интенсивность дыхания у этих микроорганизмов при использовании ими гумата в качестве энергетического материала очень низка и лишь в незначительной степени превышает энергию эндогенного дыхания.
Е.З. Теппер обращает внимание на специфику ферментативного аппарата нокардий, отличающегося отсутствием у многих видов протеиназ, амилазы, инвертазы и некоторых других гидролитических ферментов. Эта особенность ограничивает, по мнению автора, возможность участия данных организмов в преобразовании свежих органических остатков и как бы предопределяет использование ими наиболее устойчивых продуктов распада: углеводородов, лигнина и гумусовых веществ почвы.
По данным того же автора, разложение гумуса под влиянием нокардий не бывает полным; полное его разложение осуществляется, по-видимому, ассоциацией микроорганизмов, а не каким-либо одним видом. Что касается участия неспецифических сапрофитов в разложении перегноя, то на основании имеющихся в литературе данных Е.З. Теппер отводит им косвенную роль в данном процессе, рассматривая распад гумуса как побочный результат их жизнедеятельности (следствие соокислительных процессов).
Во многих работах советских и зарубежных исследователей приводятся доказательства участия мицелиальных грибов и банальных сапрофитных бактерий, т. е. неспецифической микрофлоры, в разложении гумуса. Е.С. Кудрина показала, что в этом процессе помимо грибов участвуют актиномицеты, Bacillus mycoides и азотобактер. И.В. Александрова обнаружила способность к разложению перегноя у грибов, дрожжей и сульфатредуцирующих бактерий. Рядом авторов приводятся данные, подтверждающие способность псевдомонад разлагать гуминовую кислоту. Как источник азота гуминовая кислота используется дрожжами, микрококками, бациллами, коринебактериями и представителями рода Nocardia.